Kementerian Agama Provinsi Jawa Timur merupakan instansi yang menaungi urusan agama di wilayah Jawa Timur. Sebelum menjadi Kementerian Agama, lembaga ini bernama Departemen Agama. Usulan pembentukan Kementerian Agama berasal dari para anggota Komite Nasional Indonesia Pusat yang menghendaki agar urusan agama tidak ditangani secara sambilan. Usulan ini diterima secara aklamasi dan diwujudkan melalui Penetapan Pemerintah No. 1/SD Tahun 1946 tertanggal 3 Januari 1946.
Djawatan Agama Daerah (DAD) pertama kali dibentuk oleh Mr. Hindromartono di Bojonegoro pada tahun 1940, dengan KH. Fathurrohman Kafrawi sebagai kepala kantor pertama. KH. Fathurrohman mempresentasikan konsep panitia untuk membentuk formasi kantor kepenghuluan dalam Konferensi Pertama Kementerian Agama di Purwokerto. Konsep tersebut diterima oleh Menteri Agama dan menjadi dasar status kepegawaian kepenghuluan di seluruh Indonesia, yang resmi berlaku setelah diberlakukannya Undang-Undang No. 2 Tahun 1946.
Landasan pertama penataan organisasi Kementerian Agama adalah Keputusan Menteri Agama Nomor 1185/K-7/1946 tertanggal 20 November 1946 tentang Struktur Organisasi Kementerian Agama. Pada tingkat pusat, Kementerian membawahi tujuh bagian: Sekretariat, Kepenghuluan, Pendidikan Agama, Penerangan Agama Islam, Kristen, Katolik, Kepegawaian, dan Keuangan. Sementara di tingkat provinsi, ditunjuk koordinator kegiatan keagamaan.
Kantor Agama Provinsi Jawa Timur (KAP) dibentuk pada 31 Maret 1948 dengan R. Moch. Machin sebagai kepala kantor pertama. Situasi genting akibat Agresi Militer Belanda menyebabkan Kantor Agama berpindah-pindah dari Gondang Gor Kediri ke Menara Nganjuk. Saat menjelang Peristiwa Madiun, KH. Muslich menggantikan R. Moch. Machin. Setelah situasi stabil, kantor KAP menempati Markas Brawijaya, kemudian berpindah ke Jl. KH. Mansyur Surabaya, dan Jl. Peneleh No. 62 Surabaya.
Pada tahun 1973, struktur organisasi berubah ketika Pengadilan Tinggi Agama Provinsi secara struktural tidak lagi berada di bawah Kantor Wilayah. Perkembangan organisasi, personil, serta tugas yang meningkat mendorong terbitnya KMA No. 45 Tahun 1981 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Kanwil Departemen Agama Provinsi, serta rencana pembangunan gedung baru di Jl. Ketintang Madya No. 92 Surabaya.
Saat dijabat oleh Drs. H. Sobirin, dilakukan ruislag lahan kantor dan dilanjutkan oleh Drs. H. Mahmud Sujuthi yang menyelesaikan seluruh persyaratan administratifnya. Menteri Agama Dr. Tarmidzi Taher saat itu menyetujui ruislag berupa tukar lokasi dengan Balai Diklat PTK Surabaya. Sejak itu, Kanwil Kemenag Jatim menempati lokasi baru di Jl. Juanda, Sidoarjo, sementara Balai Diklat menempati bekas kantor di Ketintang.
Gedung Kanwil Kementerian Agama Provinsi Jawa Timur yang baru di Jl. Juanda Sidoarjo diresmikan penggunaannya pada Juni 2002 oleh Menteri Agama Prof. Dr. Sa'id Agil Husain Al-Munawar, MA.
Sejarah Kementerian Agama Provinsi Jawa Timur
3 Januari 1946
Penetapan Pemerintah No. 1/SD Tahun 1946 menetapkan pembentukan Kementerian Agama secara resmi, sebelumnya bernama Departemen Agama.
1940
Mr. Hindromartono membentuk Djawatan Agama Daerah (DAD) di Bojonegoro. KH. Fathurrohman Kafrawi ditunjuk sebagai kepala kantor pertama.
20 November 1946
Terbit Keputusan Menteri Agama Nomor 1185/K-7/1946 tentang Struktur Organisasi Kementerian Agama.
31 Maret 1948
Kantor Agama Provinsi Jawa Timur dibentuk, dipimpin oleh R. Moch. Machin. Karena Agresi Belanda, kantor berpindah-pindah lokasi.
1973
Pengadilan Tinggi Agama Provinsi dipisahkan secara struktural dari Kanwil. Struktur organisasi dan beban kerja meningkat signifikan.
1981
Terbit KMA No. 45 Tahun 1981 tentang SOTK Kanwil Depag Provinsi. Proyek pembangunan kantor dimulai di Jl. Ketintang Madya No. 92 Surabaya.
Tahun 90-an
Ruislag kantor Ketintang ke Juanda difinalisasi oleh Drs. H. Mahmud Sujuthi dan disetujui oleh Menteri Agama Dr. Tarmidzi Taher.
Juni 2002
Gedung baru Kanwil Kemenag Prov. Jatim di Jl. Juanda, Sidoarjo diresmikan penggunaannya oleh Prof. Dr. Sa'id Agil Husain Al-Munawar, MA.