1.    H. M. Maskun Kepala Kanwil dari Tahun 1973 sampai dengan 1975

2.    H. M. Suhadji Kepala Kanwil dari Tahun 1975 sampai dengan 1977

3.    Drs. H. Soeparno Kepala Kanwil dari Tahun 1977 sampai dengan 1983

4.    Drs. H. Sobirin Kepala Kanwil dari Tahun 1983 sampai dengan 1993

5.    Dr. H. Mahmud Suyuthi Kepala Kanwil dari Tahun 1993 sampai dengan 1996

6.    Drs. Busjrie Abd. Djalil Kepala Kanwil dari Tahun 1996 sampai dengan 1997

7. Dr. H. Achmad Sutarmadi Kepala Kanwil dari Tahun 1997 sampai dengan 1998

8.    Drs. H. Abdul Ghofir Kepala Kanwil dari Tahun 1998 sampai dengan 2003

9.  Drs. H. Roziqi, MM, MBA Kepala Kanwil dari Tahun 2003 sampai dengan 2009

10.  Drs. H. Imam Haromain Asy'ari Kepala Kanwil dari Tahun 2009 sampai dengan 2010

11.   Drs. H. Sutrisno, SE, M.Pd, MM Kepala Kanwil Tahun 2010

12. Dr. H. Sudjak, M.Ag Kepala Kanwil dari Tahun 2010 sampai dengan 2014

13.   Drs. H. Mahfudh Shodar, M.Ag Kepala Kanwil dari Tahun 2014 sampai dengan 2017

14. Drs. H. Syamsul Bahri, M.Pd.I Kepala Kanwil dari Tahun 2017 sampai dengan 2018

15. Drs, H. Haris Hasanudin, M.Ag Kepala Kanwil dari Tahun 2019 sampai dengan 2019